合併協議会は、法律に基づき関係市町村議会の議決を経て設置する法定協議会と関係市町村の協議により任意に設置する任意協議会とに区分されます。
田無市、保谷市においては、平成10年2月16日に任意の協議会を、平成11年10月11日に法定協議会を設置し、合併に関する協議を行いました。

法定協議会
（1999年10月11日から2001年1月20日）

法定協議会では、市民に両市合併の具体的な姿を提示する視点から具体的にどのように合併するか（合併協定事項）が協議されました。
それらの協議がほぼ終了した段階で、市民説明会などによりそれらの情報の徹底的な周知を図った上で、最終的には2000年7月30日、18歳以上の全市民を対象とした投票方式の市民意向調査をもって市民意向を把握し、合併を確認しました。
新市名｢西東京市｣もこの意向調査によって選ばれたもので、2001年1月21日、21世紀に最初に誕生するまちとして発足しました。

任意協議会
（1998年2月16日～1999年11月15日）

任意協議会では、ひとまず合併を推進する立場から、両市の合併について検証を行いました。
主な内容は、次の3点です。
合併の必要性
合併の効果
まちづくり構想
特にまちづくり構想部分は、市民代表委員を中心とする新市将来構想策定委員会、自由参加市民によるワークショップ｢21世紀フォーラム｣を経て市民の手によってまとめられました。
それらの集大成が｢新市将来構想｣であり、これを基に法定協議会において｢新市建設計画｣が取りまとめられました。